职业生涯在南京有有时,肖智被公认为实力最突出的年轻队员,主教练胡云峰对他尤为赞赏。在2005年,河南建业有意购买肖智,当时肖智的转会费在100万元左右。肖智的东家拒绝放走这只“潜力股”,只同意租借,租借费为每年80万元。结果转会没有成功。河南建业冲超成功后,曾经是肖智恩师的门文峰再次和南京有有足球俱乐部取得联系,希望能够引进肖智。冬季转会期间,双方也在转会费上进行过沟通。然而,肖智入选了杜伊的新一届国奥队,对方遂将价格提到180万元,这让河南建业感到左右为难,谈判一度停滞。2007年2月份,河南建业公布了内援名单,杨林、王寿挺、麻骁赫然在列,唯独不见肖智。就在人们以为肖智转会流产的时候,事情突然峰回路转:最终,河南建业成功签下肖智。事实上,足协规定的转会日期已过,但由于受惠于国奥球员转会的特殊政策,肖智才得以转会建业。肖智的转会价格大概在135万元。2009赛季的中超联赛,肖智整个赛季攻入7球,其中最后3轮比赛肖智就贡献了5个进球,并制造一粒点球,凭借肖智联赛尾声阶段的爆发,河南建业也拿到了首次参加亚冠的资格,而那个赛季对阵青岛中能的比赛,肖智还打入一记堪比伊布2004年欧洲杯上的倒钩进球。肖智的这个进球也被媒体评为2009年中超联赛10佳进球中的第一名。2010赛季他代表河南建业出战亚冠联赛。2014年7月16日,2014年中国足协杯第3轮,河南建业做客杭州黄龙体育中心肖智三次头球首次上演帽子戏法,加上张璐的一粒进球,河南建业最终4-0战胜杭州芝浦,顺利晋级足协杯第4轮。2014年7月24日,足协杯第四轮河南建业2-1广州恒大。上半场吉拉迪诺攻入广州恒大处子球。下半场肖智梅开二度帮助建业逆转比分。建业历史首次击败恒大。在最近一周的3场比赛中,肖智一共攻入6球,其中中超和足协杯的两场比赛,肖智的进球帮助球队连胜北京国安和广州恒大,值得一提的是,这都是建业对阵京穗两强的首次胜利。
2015赛季中超联赛,肖智又贡献了一脚世界波帮助建业2比1再次赢恒大。但整个2015赛季肖智受困于伤病和位置问题,只有12次出场记录,进了两个球。2016年1月,这位31岁的前锋在建业效力了9个赛季后考虑换个环境。而广州富力对肖智有意,三方接触已经开始了。2016年1月27日,河南建业宣布球员肖智转会到广州富力。2016年8月17日,2016年中国足协杯半决赛首回合,广州恒大主场2-2战平广州富力。第22分钟,“恒大克星”肖智在角球攻势中以头球为富力
破门。2016年8月21日,2016赛季中超联赛第23轮,广州富力客场5-4击败重庆力帆。第48分钟,肖智倒地铲射破门再次帮助富力领先。第70分钟,肖智头球攻门得手完成梅开二度。2017年4月17日,2017赛季中超联赛第5轮辽宁沈阳开新与广州富力的比赛在沈阳奥体中心进行。最终,富力4-1获胜。第18分钟,陈志钊左路角球传中,杨旭和肖智中路争顶头球,埋伏在后点的扎哈维侧身凌空抽射立柱内侧弹入球门,富力1-0领先。第61分钟,姜至鹏掷出前场左路界外球,肖智禁区左侧控球后背身回做,扎哈维弧顶内抢射,梅开二度,富力2-1领先。第71分钟,雷纳迪尼奥前场右路任意球传入禁区,无人盯防的肖智小禁区中路头球破门。肖智打入本赛季第2粒联赛进球,富力3-1领先。2018年5月19日,在2018年中超联赛第11轮广州富力对阵河南建业的比赛中,肖智在第68分钟头球破门,但是由于脱球衣庆祝吃到第二张黄牌,累积两张被罚下场,这里进球帮助广州富力1-1战平河南建业。7月22日,中超联赛第13轮继续进行,广州富力主场迎战贵州恒丰,肖智首发出场。2020年,肖智与泰达完成签约,代表泰达征战本赛季中超。2020年7月17日,天津泰达官方宣布,肖智加盟球队。国家队生涯杜伊科维奇执教中国国奥队时,身高1.86米的肖智也被杜伊选入队中,他的意识和技术都得到了国奥教练组的肯定。国家代表生涯开始于2009年,是年11月23日国足教练高洪波对媒体表示。将在冬训中征召肖智入队。2017年5月2日,中国足协通过官方网站公布了国足二队集训大名单,肖智入选。2017年6月1日,中国足协发布了新一期中国国家队名单,肖智从二队晋升至国足一队。2017年6月7日,国际足球友谊赛,国足8-1大胜菲律宾。肖智迎来代表国家队的首秀。第25分钟,尹鸿博助攻肖智攻入他代表国足出战的首球。
2019年1月5日,中国男足国家队公布参加2019年亚洲杯23人名单,肖智入选。2019年1月20日,亚洲杯8分之一比赛,对阵泰国队肖智攻入扳平的关键进球,帮助中国队2-1逆转泰国队挺近八强。个人生活1985年出生的肖智从2007年加盟建业,为球队效力9个赛季,帮助球队拿到过2009年中超季军,并历史上首次打入亚冠联赛。希望延长职业生涯,没在家乡退役有遗憾。